Selon les récits d'histoire orale de Hidatsa, le nom de la mère de Sacagawea était Otter Woman et son père était Smoked Lodge. Cette information a été fournie par un Hidatsa nommé Bulls Eye, qui prétendait être le petit-fils de Sacagawea.
On ne sait pas grand-chose sur la jeunesse de Sacagawea, sauf qu'elle a grandi dans la tribu Shoshone et a été kidnappée par la tribu Hidatsa. Sacagawea a vécu parmi le peuple Hidatsa jusqu'à ce qu'elle épouse le commerçant canadien-français Toussaint Charbonneau.
Bulls Eye a contesté les affirmations selon lesquelles Sacagawea était Shoshone et a prétendu qu'elle était vraiment d'origine Hidatsa. Quelle que soit la version vraie, il n'y a pas d'autres informations sur ses parents.