Le principal problème associé à l'écotourisme est le fait que lorsque plus de personnes visitent un écosystème fragile, la probabilité de dommages à cet écosystème augmente. En outre, l'écotourisme peut fausser les économies locales, provoquer une inflation locale massive et amener les peuples autochtones à abandonner leurs moyens de subsistance traditionnels au profit d'emplois dans le secteur des services.
L'écotourisme peut être un outil précieux pour préserver les plantes et les animaux en voie de disparition. L'attention mondiale portée par l'écotourisme peut sensibiliser aux espèces au bord du gouffre, et les visiteurs peuvent apporter des fonds indispensables pour les programmes de conservation. Cependant, à mesure que les dollars du tourisme augmentent, la menace pour l'environnement augmente également.
Le grand nombre de visiteurs peut entraîner des problèmes d'épuisement des ressources et de pollution. La nécessité de créer des sentiers et des installations pour les visiteurs peut endommager les habitats et éloigner les animaux de leurs maisons. Des guides sans licence ou mal formés peuvent emmener les visiteurs dans des zones fragiles sans se soucier de la faune, ce qui augmente le risque de préjudice. Dans certains cas, les espèces au cœur de l'attraction écotouristique peuvent devenir des cibles pour le vol et la contrebande, fournissant des animaux de compagnie au marché noir pour les étrangers fortunés.
L'écotourisme peut également avoir un effet négatif sur les économies locales. Les entreprises fournissant des services touristiques peuvent offrir de meilleurs emplois que les professions traditionnelles dans la communauté, privant les villes et les villages des services dont ils pourraient avoir besoin. Dans les zones primitives, cela peut fausser l'économie locale dans la mesure où les communautés peuvent ne pas être en mesure de survivre sans un afflux constant d'argent et de ressources.
