Les principaux plans d'eau du Mexique sont le golfe de Californie (connu localement sous le nom de Mar de Cortés), le golfe du Mexique, la rivière San Juan et le lac Chapala (le plus grand lac d'eau douce).
Le golfe de Californie est également connu sous le nom de mer de Cortez et de mer Vermillon. Il est considéré comme un plan d'eau majeur car il sépare la péninsule californienne du Mexique et possède un littoral de 4 000 kilomètres. Le golfe du Mexique mesure 1 500 kilomètres de large et borde le Mexique, Cuba et les États américains du Texas, de la Louisiane, du Mississippi, de l'Alabama et de la Floride. Laka Chapala, le plus grand lac d'eau douce du Mexique, est situé dans les municipalités de Chapala, Jocotepec, Jamay, Jalisco et Poncitlan. Le fleuve San Juan, l'un des nombreux fleuves du monde portant ce nom, est considéré comme un fleuve majeur car il alimente en eau l'État de Nuevo León.
Bien qu'il s'agisse des principaux plans d'eau du Mexique, le pays compte également plusieurs lacs, étangs, rivières et baies plus petits. Les chutes Basaseachic sur la rivière Basaseachic sont la deuxième plus haute cascade du Mexique et les chutes Piedra Bolada sont les plus hautes. De nombreux lacs et rivières du Mexique sont utilisés par les agriculteurs ou constituent des attractions touristiques populaires.