Les rouilles, les charbons, les puffballs, les chanterelles et les champignons shiitake sont tous des exemples de champignons lyophilisés. Les champignons lyophilisés, ou Basidiomycota, constituent l'un des plus grands groupes de champignons.
Trois sous-phylums composent les champignons du club. Pucciniomycotina contient principalement des rouilles végétales parasites. Ces champignons affectent les fleurs, les tiges et les fruits des plantes à croissance vigoureuse, limitant souvent leur croissance mais ne les tuant pas. Le vent, l'eau et les insectes dispersent les spores fongiques qui s'accrochent et pénètrent dans la plante pour usurper ses ressources. Les champignons de la rouille comprennent la rouille du café, la rouille vésiculeuse du pin blanc et la rouille de l'hémérocalle.
Le sous-embranchement Ustilaginomycotina contient principalement des champignons du charbon, qui affectent les plantes herbacées telles que les graminées et les céréales. Les charbons infectent les parties aériennes des plantes, créant de grandes galles charnues. Le charbon du maïs et de l'oignon appartiennent tous deux à ce sous-phylum.
Le sous-embranchement Agaricomycotina comprend environ 20 000 espèces, soit près d'un tiers des champignons du monde. La plupart de ces champignons sont des décomposeurs qui obtiennent des nutriments à partir de matières organiques en décomposition. Les champignons, les puffballs et les champignons de support font partie de ce groupe. La plupart des espèces comestibles, telles que les chanterelles, les shiitake et les bolets, appartiennent également à Agaricomycotina. D'autres membres de ce groupe sont hallucinogènes ou toxiques et impropres à la consommation, tandis que quelques-uns sont d'importants agents pathogènes du bois et de l'agriculture. De nombreuses levures appartiennent également à ce grand sous-embranchement.
