L'avantage le plus important d'un système d'entreprise est qu'il permet la collaboration et l'efficacité entre les services d'une organisation. L'investissement important souvent requis dans l'infrastructure et les processus organisationnels, ainsi que le fardeau de la planification stratégique et du travail d'équipe inter-organisationnel, sont des défis.
En cas de succès, la mise en œuvre d'un système d'entreprise offre un potentiel d'avantages concurrentiels majeurs. Les organisations peuvent dépasser leurs concurrents grâce à une utilisation plus efficace des ressources, une meilleure gestion globale des relations clients et une efficacité opérationnelle améliorée. Certaines entreprises disposent d'un système qui relie les prévisions de ventes aux budgets de production et aux stocks de matériaux, par exemple.
Les systèmes d'entreprise sont pilotés par des plates-formes logicielles. Construire une infrastructure optimale, y compris la bonne solution logicielle, est un investissement majeur pour de nombreuses entreprises. Mettre le bon système en place dès le départ est une préoccupation. Certaines entreprises ne prennent pas le temps de planifier stratégiquement dès le départ, ce qui augmente les risques d'un mauvais investissement. D'autres n'obtiennent pas la participation d'un nombre suffisant de chefs de service à la planification stratégique ou élaborent une stratégie qui a échoué. Même avec une stratégie prudente, la mise en œuvre d'un système qui aligne la technologie avec la participation de tous les travailleurs de l'organisation est un obstacle. Une culture de collaboration augmente les chances de réussite, mais une communication et des flux de travail clairs sont également nécessaires.