L'une des faiblesses les plus cruciales de l'armée de l'Union était son manque de généraux expérimentés. La plupart des collèges militaires étaient situés dans les États confédérés. En conséquence, Lincoln s'est retrouvé à commander des généraux qui ne pouvaient pas capitaliser sur les faiblesses de l'armée confédérée.
Un autre gros désavantage dont souffrait le Nord était le fait qu'ils envahissaient un territoire inconnu. Les généraux du Sud connaissaient la configuration du terrain et savaient comment harceler les troupes de l'Union, alors que les généraux du Nord ne connaissaient pas la région. Les soldats du Nord devaient également faire face à un ennemi au moral très élevé parce qu'ils défendaient leurs maisons. Enfin, les objectifs de l'armée de l'Union, à la fois politiques et militaires, étaient très larges et beaucoup plus difficiles à accomplir que ceux des confédérés.
Tout ce que les États confédérés avaient à faire était de survivre jusqu'à la fin de la guerre, tandis que l'armée de l'Union devait envahir, conquérir puis soumettre l'ennemi. Ils ont dû prendre le fleuve Mississippi du sud afin d'entraver les lignes d'approvisionnement de l'ouest. Le Nord a également dû couper le Sud des commerçants internationaux et arrêter la fabrication de fournitures de guerre par le Sud. Enfin, le Nord a dû empêcher l'armée confédérée d'envahir vers le nord pour réduire la pression sur les premières pertes du Nord.