La rouille dans l'eau de puits peut provenir de dépôts de fer ou de manganèse qui se mélangent à l'air, également connus sous le nom de bactéries du fer. Les bactéries peuvent se développer en un matériau visqueux qui adhère aux tuyaux de puits. Cela peut faire changer la couleur de l'eau, avoir un goût ou une odeur étrange.
Bien qu'on ne sache pas si les bactéries du fer peuvent causer des maladies, elles peuvent créer un bon environnement pour la croissance d'autres bactéries nocives. Lors de la réparation des pompes, des tuyaux de puits et des équipements de puits, ceux-ci doivent être correctement désinfectés. Un laboratoire peut tester l'eau s'il y a des indications que l'eau du puits est contaminée.