Le réticulum endoplasmique (RE) rugueux remplit plusieurs fonctions cruciales, telles que la fabrication d'enzymes lysosomales, la fabrication de protéines sécrétées, l'intégration de protéines dans la membrane cellulaire et la facilitation de la glycosylation. Le RE rugueux est un composant auxiliaire de le réticulum endoplasmique plus large, qui contient une surface lisse en plus des bords rugueux du RE. Malgré le partage d'un emplacement, l'ER lisse et rugueux remplit différentes fonctions pour faciliter les opérations de base au sein des cellules.
La différence entre le RE brut et le RE lisse commence au niveau de la surface. La surface du RE rugueux est parsemée de ribosomes producteurs de protéines, ce qui lui donne un aspect clouté et inégal. Selon la Georgia State University, le RE rugueux est identifié par la présence de ribosomes car le RE lisse n'attire ni ne retient ces composants cellulaires. Le RE rugueux contient un site de liaison clé, appelé translocon, qui attire et capture les ribosomes. Les ribosomes ne se fixent à la surface du RE que pendant de brèves périodes de temps ; cependant, ils restent suffisamment longtemps pour achever la formation d'un acide nucléique protéine. En plus de servir de lieu d'hébergement pour les ribosomes, les RE bruts produisent plusieurs enzymes et protéines, qui sont ensuite sécrétées dans la cellule environnante. Les RE bruts génèrent également des poches protectrices, qui transportent les protéines vers le complexe de Golgi.