Le manchot empereur se situe près du sommet de la chaîne alimentaire, se nourrissant de poissons, de krill et de calmars. Seuls les grands mammifères marins se nourrissent du manchot empereur, y compris les requins.
Le manchot empereur est agile et fort dans l'eau, deux qualités qui en font un bon prédateur. C'est un excellent plongeur qui peut plonger plus profondément que les autres oiseaux ; les records de plongées de manchots empereurs atteignent jusqu'à 1 750 pieds. Le manchot empereur passe normalement environ cinq minutes ou moins à la fois sous l'eau et ne plonge qu'à plusieurs centaines de pieds sous la surface. Ce pingouin peut nager rapidement lorsqu'il plonge pour sa proie.
