Le système excréteur élimine les substances potentiellement toxiques qui s'accumulent lors des processus métaboliques. Chez les mammifères, les principaux organes utilisés pour filtrer le sang des produits chimiques en excès, en particulier les déchets azotés, sont les reins. Les autres organes impliqués incluent les uretères qui transportent l'urine vers la vessie, qui stocke les déchets jusqu'à ce qu'ils puissent être excrétés via l'urètre.
Chez les mammifères, l'urine est utilisée pour collecter les déchets azotés sous forme d'acide urique ou, comme chez l'homme, d'urée. L'urée est un produit chimique soluble dans l'eau, de sorte que le corps peut facilement utiliser l'excès d'eau pour s'en débarrasser. L'acide urique, d'autre part, n'est pas soluble dans l'eau et est excrété sous forme solide par des espèces telles que les oiseaux avec très peu d'eau. Ceci est également utilisé par de nombreuses espèces dans les climats arides où l'utilisation de l'eau pour l'excrétion serait trop inutile.
De très grandes quantités d'eau et de produits chimiques sont absorbées par les reins, mais une grande majorité est renvoyée dans le sang. Les reins sont au moins aussi nécessaires pour réguler l'équilibre hydrique de l'organisme que pour excréter les déchets. Les autres organes impliqués dans le système excréteur comprennent le foie et la peau, qui éliminent certaines matières toxiques et déchets via la transpiration.
