Les poissons ont un système digestif qui commence à la bouche et se termine à l'anus. Il est généralement composé d'une bouche, d'un œsophage, d'un estomac, d'un pancréas et d'un intestin. Cependant, toutes les espèces de poissons n'ont pas d'estomac, comme les cyprinidontes et les cyprinidés, et les poissons herbivores ont un tube digestif plus long que les poissons carnivores.
Les aliments sont introduits dans le corps par la bouche, puis dans le pharynx où ils sont broyés avec les dents pharyngées avant d'entrer dans l'œsophage. Couchées de muscles, les parois de l'œsophage peuvent se dilater afin d'accueillir de gros objets. La nourriture est ensuite décomposée dans l'estomac par des substances libérées par les glandes gastriques. Certaines espèces de poissons ont un gésier au début de l'estomac qui commence le processus digestif. Les caeca pyloriques sont situés à l'extrémité de l'estomac chez de nombreuses espèces de poissons et ceux-ci continuent le processus digestif et dilatent l'intestin. La digestion est facilitée par la sécrétion d'enzymes du pancréas à l'intestin où se produit la majeure partie de l'absorption des aliments. Les selles quittent ensuite le corps par l'anus.
