Les noms systématiques de l'eau, tels que déterminés par l'Union internationale de chimie pure et appliquée (IUPAC), sont eau et oxydane, bien que l'eau soit le terme le plus couramment utilisé par les chimistes. Le nom traditionnel a été conservé pour faciliter la communication.
Il existe d'autres façons d'exprimer l'idée de l'eau et de sa structure moléculaire, mais elles ne sont pas approuvées par l'IUPAC. Les termes monoxyde de dihydrogène et DHMO ont été utilisés dans plusieurs canulars sur le public pour souligner les dangers de l'eau et la faire ressembler à un produit chimique étrange et toxique. L'un des premiers exemples est un courrier électronique datant de 1997 appelant à l'interdiction du monoxyde de dihydrogène. Le même e-mail affirme que le monoxyde de dihydrogène est également appelé acide hydroxyle. L'un des noms ACD/Index pour l'eau est, en effet, hydroxyle, bien qu'il ne soit pas spécifié comme un acide. D'autres noms pour l'eau utilisés par les chimistes incluent l'hydroxyde d'hydrogène, l'oxyde d'hydrogène et des termes plus familiers tels que glace ou vapeur d'eau.