L'encre de Chine, le rouge Congo et l'éosine peuvent être utilisés comme colorants alternatifs à la place de la nigrosine pour la coloration négative. L'encre de Chine fonctionne bien, mais ses minuscules particules provoquent un mouvement brownien, ce qui rend l'identification de la bactérie un un peu difficile.
Les colorations négatives ne colorent pas les cellules bactériennes, qui sont chargées négativement, mais le fond autour des cellules. Au microscope, les cellules apparaissent sous forme de contours incolores sur un fond sombre. Cette méthode de coloration est utilisée pour étudier des spécimens qui ne doivent pas être fixés avec de l'alcool ou de la chaleur, de sorte que la visualisation d'une cellule vivante est possible.
Certaines bactéries ont des structures extracellulaires appelées capsules, qui sont facilement détruites par le lavage et le chauffage. Pour identifier si les bactéries de l'échantillon ont des capsules, une technique douce utilisant une coloration négative est utilisée.
