En biologie moderne, il existe trois approches pour classer les organismes : la systématique, la cladistique et la taxonomie évolutive moléculaire. Elles sont toutes basées sur la relation des organismes entre eux, mais utilisent différents indicateurs pour attribuer le degré de relation.
La taxonomie moderne, ou système de classification, trouve son origine au XVIIIe siècle, à partir des travaux du botaniste suédois Carolus Linnaeus. Il a classé les êtres vivants en fonction des similitudes entre eux. Les organismes qui pouvaient se croiser ont été regroupés dans une seule espèce. Il existe des niveaux d'organisation au-dessus des espèces : le genre, auquel appartiennent un certain nombre d'espèces étroitement apparentées, une famille, qui se compose de genres apparentés, et l'ordre, qui comprend des familles similaires. La classe, le phylum et le royaume sont les trois niveaux supérieurs suivants du système. Ces grands groupes peuvent inclure des sous-groupes, par exemple, un sous-embranchement, ou faire partie d'un supergroupe, par exemple, une superclasse.
Lorsque Carolus Linnaeus développait son système, l'évolution n'était pas encore un fait scientifique. Une fois que les scientifiques ont commencé à étudier comment différents organismes sont liés les uns aux autres sur la base d'un ancêtre commun qu'ils partagent, la classification a également évolué. Le système de classification phylogénétique, ou systématique, répertorie des clades d'organismes, organisés en diagrammes à angle droit, qui ont un ancêtre commun. En cladistique, la séparation est faite au moment où un trait, qui rend une espèce particulière unique, apparaît. Il peut s'agir, par exemple, de la marche debout pour les humains. Un système similaire de taxonomie évolutive moléculaire se concentre sur l'émergence de différences génétiques entre les espèces.
