Un exemple de fossile pétrifié est le bois ancien dont tous les tissus ont été remplacés par du quartz sur une longue période de temps. La pétrification se produit lorsqu'un organisme mort est protégé de la pourriture de telle sorte que les minéraux l'eau riche peut s'y infiltrer.
La pétrification fonctionne en laissant des minéraux se déposer dans les tissus de l'organisme au fur et à mesure que les tissus sont lentement emportés. Les minéraux cristallisent sous la même forme que le tissu qu'ils remplacent. Il en résulte des fossiles qui peuvent être très détaillés, préservant les structures jusqu'au niveau microscopique. La plupart des fossiles pétrifiés ne sont pas aussi complets, mais la texture de l'écorce et d'autres petites structures est souvent préservée.
