Le peuple Seneca a plusieurs croyances et pratiques religieuses traditionnelles. Il existe une croyance en un « Earth Holder » et d'autres éléments et forces naturels. Historiquement, les gens organisaient des festivals pour honorer les fraises et la sève d'érable. Ils ont également organisé une célébration en hiver pour rendre grâce et pratiquer le pardon. Les gens croyaient que la maladie était le résultat d'influences spirituelles, et les chamanes utilisaient jusqu'à 200 herbes pour traiter et guérir les malades.
À l'époque contemporaine, de nombreux Sénèques suivent la religion de la maison longue, le catholicisme et d'autres confessions chrétiennes. La religion de la maison longue a commencé comme un mouvement religieux appelé « Le code du beau lac ». Handsome Lake est le nom d'un prophète Sénèque qui a commencé la religion en 1799. La religion combine certaines croyances iroquoises traditionnelles avec des éléments de quakerisme et de christianisme.
Les prédicateurs de la religion récitent la révélation de Handsome Lake deux fois par an. La récitation complète prend trois matins. Cela se produit avant le lever du soleil. Le prédicateur se tient devant une cheminée et chante un chant du soleil pour le beau temps. Pendant la récitation, les fidèles s'assoient sur des bancs et les femmes se couvrent la tête de châles.
L'atmosphère ressemble à une réunion de réveil chrétien. L'atmosphère émotionnelle devient contagieuse et pousse les gens à déclarer publiquement allégeance à la religion.
