Thomas Jefferson a envoyé Lewis et Clark en expédition afin que le commerce puisse être établi avec les peuples amérindiens de l'ouest et afin qu'ils puissent également trouver une voie navigable vers l'océan Pacifique. Avant que Jefferson ne devienne président, il voulait envoyer des explorateurs en expédition à travers l'Amérique du Nord.
Jefferson a envoyé une lettre au Congrès le 18 janvier 1803, demandant 2 500 $ afin de financer l'expédition Lewis et Clark. Meriwether Lewis a été choisi par Jefferson pour diriger l'expédition parce qu'il avait les compétences, la discipline militaire et l'expérience nécessaires. Lewis a choisi Clark, un ancien carabinier avec qui il avait servi dans sa compagnie, pour l'aider à diriger l'expédition de l'armée américaine, connue aujourd'hui sous le nom de Corps of Discovery.