Les protozoaires vivent dans les mers, les rivières, les lacs, les étangs, les matières en décomposition et le sol. L'eau est une exigence pour leur habitat et ils peuvent exister dans diverses régions où cela est présent.
Les protozoaires qui vivent dans l'eau salée n'ont pas besoin de vacuoles, qui sont des structures dans le cytoplasme qui fonctionnent dans la sécrétion intracellulaire. La concentration en sel à l'intérieur de la cellule est similaire à la concentration dans l'eau de mer et il n'est pas nécessaire de contracter et de vider les fluides. Les protozoaires qui possèdent ces structures et vivent dans des conditions moins salées vident l'eau à travers un pore de la membrane et l'excès de liquide pénètre dans la cellule.