Les baies d'aubépine ne sont pas directement toxiques, mais il existe certaines circonstances dans lesquelles elles peuvent avoir des effets néfastes. Les graines des baies d'aubépine contiennent un composé appelé amygdaline, qui est du cyanure lié au sucre. Cela se transforme en cyanure d'hydrogène dans l'intestin grêle, et le résultat peut être mortel.
Il est préférable de cracher les graines d'aubépine lorsque vous consommez la baie entière. Quelques graines ne vont pas nécessairement poser problème à un adulte, mais un enfant est susceptible d'être affecté négativement. Les baies elles-mêmes ne sont pas toxiques, mais de nombreuses personnes rapportent un arrière-goût désagréable en mangeant le fruit. De fortes doses d'aubépine ont été signalées comme étant toxiques.
L'aubépine a une variété d'utilisations médicales et est utilisée sous forme de supplément pour traiter diverses maladies. Plus précisément, il est utilisé pour traiter l'insuffisance cardiaque, en particulier les formes légères d'insuffisance cardiaque congestive. Il est moins efficace pour les formes sévères d'insuffisance cardiaque. Les baies sont également utilisées dans les thés pour abaisser la tension artérielle.
Les baies d'aubépine sont également largement utilisées dans la cuisson des gelées car elles sont naturellement riches en pectine. Cependant, les baies d'aubépine ont peu de goût et sont généralement mélangées à d'autres fruits dans des plats tels que des tartes ou du vin.