Le chert est le plus souvent créé lorsque des microcristaux de dioxyde de silicium se forment dans des sédiments mous qui, avec le temps, se transforment en craie ou en calcaire. Lorsque de grandes quantités de microcristaux de dioxyde de silicium sont présentes dans les sédiments, ils commencent s'agglutinent et peuvent éventuellement former des couches entières de chert dans un dépôt calcaire.
Le chert est une roche sédimentaire composée de dioxyde de silicium. On le trouve généralement sous forme de grandes couches nichées dans la craie ou le calcaire. En raison de la structure du chert, lorsqu'il est brisé, il se brise souvent en morceaux avec des bords extrêmement tranchants. Les premiers humains ont remarqué cette qualité et ont utilisé ce type de roche pour créer des outils de coupe et des armes. Le chert est aussi souvent appelé « silex ».
Lorsque les microcristaux commencent à s'agglutiner dans des dépôts sédimentaires spécifiques, ils finissent par conduire à la formation de chert. Ces dépôts sont soumis à une tonne de pression et, avec le temps, se compresseront en calcaire ou en craie. Des cristaux de dioxyde de silicium se forment dans les sédiments et sont transportés par les eaux souterraines. Les cristaux commencent à s'entasser et à créer une couche dans le sédiment, qui se transforme finalement en une couche de chert mélangée aux nombreuses couches de craie ou de calcaire. Lorsque le dioxyde de silicone ne forme pas de couches, le chert se forme plutôt sous forme de nodules de forme irrégulière dans le calcaire ou la craie.