L'eutrophisation d'un écosystème aquatique peut être ralentie ou inversée en ralentissant l'ajout de nutriments au système. Les sources de nutriments en excès peuvent être physiquement empêchées de pénétrer dans l'écosystème affecté. Alternativement, ces sources peuvent être traitées pour éliminer les nutriments à un point en amont de l'écosystème affecté.
Les plans d'eau deviennent eutrophes en raison d'une augmentation des nutriments disponibles, le plus souvent du phosphore et de l'azote. Certains flux de déchets riches en nutriments pénètrent accidentellement dans les lacs et les rivières ; d'autres sont délibérément jetés comme moyen d'éliminer les matériaux indésirables. Les sources courantes de nutriments sont le ruissellement de fumier et d'engrais agricoles et les effluents d'eaux usées municipales.
Les pratiques agricoles, telles que la réduction du travail du sol, la réduction de l'application d'engrais et des cultures de couverture, aident à minimiser la quantité de ruissellement d'engrais qui se produit. Les clôtures et les zones tampons végétales empêchent en outre le sol et les engrais solubles dans l'eau de quitter les champs agricoles et de pénétrer dans les lacs et les cours d'eau. Les sources de fumier agricole qui sont confinées, traitées et gérées correctement et qui ne se déversent pas directement dans les lacs et les rivières contribuent davantage à prévenir l'eutrophisation. Il est également important que les bovins et autres animaux d'élevage ne puissent pas paître à proximité ou traverser les cours d'eau et les rivières. Un propriétaire privé peut réduire la quantité d'engrais qu'il utilise pour la pelouse et utiliser des produits d'entretien des pelouses à faible teneur en phosphate.
