Louis Pasteur a finalement réfuté la génération spontanée grâce à une expérience où le bouillon de bœuf était stérilisé par ébullition dans deux flacons, l'un exposé à l'air et l'autre protégé. Celui qui a été exposé à les contaminants se sont assombris, montrant une croissance microbienne, contrairement à celui scellé.
Louis Pasteur est célèbre pour ses contributions à la compréhension des maladies et des microbes en général. Le processus de pasteurisation, où le lait, le vin et d'autres consommables sont traités pour arrêter la contamination bactérienne, a été à la fois découvert par lui et nommé en son honneur. Pasteur a été le premier à montrer que la fermentation est causée par des micro-organismes et que l'oxygène n'est pas nécessaire pour ce processus.
Pasteur n'est pas à l'origine de la théorie des germes, mais c'est lui qui a fourni suffisamment de preuves expérimentales pour convaincre la plupart de la communauté scientifique que c'était vrai. Il fut aussi le premier à énoncer les principes de la vaccination, et il créa les premiers vaccins contre la rage et l'anthrax. Il a découvert ces principes après une mésaventure alors qu'il étudiait le choléra du poulet, une maladie normalement mortelle. Il a traité les poulets avec une culture bactérienne qui s'était gâtée, ce qui n'a produit que des symptômes bénins. Par la suite, il n'a pas pu réinfecter les poulets, même avec des bactéries viables.
