Les refuges pour animaux sont financés par des dons, des frais d'adoption, des legs et des ventes de marchandises. Les refuges pour animaux organisent également des événements spéciaux, tels que des promenades et des dîners annuels, pour collecter des fonds.
Les refuges pour animaux contrôlés par les municipalités sont financés par le gouvernement. Les fonds ne suffisent souvent pas à couvrir les frais d'exploitation. Ces refuges ont généralement des succursales à but non lucratif pour aider à couvrir leurs dépenses supplémentaires.
Les activités et événements de collecte de fonds, ainsi que les dons, sont les principales sources de revenus des refuges pour animaux privés à but non lucratif. Les refuges pour animaux tels que l'Animal Humane Society obtiennent des financements en passant des contrats avec les villes pour fournir des logements aux animaux mis en fourrière. Ces fonds ne représentent qu'environ 1 % du budget total de fonctionnement. Les refuges privés ne reçoivent pas de subventions gouvernementales.
Des organisations telles que l'American Society for the Prevention of Cruelty to Animals soutiennent régulièrement les refuges pour animaux sous forme de subventions. Ces subventions vont de 500 $ à 10 000 $. Seules les propositions sollicitées sont considérées pour ces subventions. L'American Humane Association offre des subventions avec un processus de candidature ouvert.
Certains refuges pour animaux sont en partenariat avec de grandes chaînes de supermarchés où se trouvent les bacs à dons. À différents moments de l'année, des collectes de nourriture sont organisées dans les magasins pour aider les refuges sous-financés à fonctionner.