Le guppy mâle étend un tube de son gonopodium et l'insère dans le pore génital de la femelle pendant la reproduction du guppy. Une fois que le mâle insère le tube, il éjacule du sperme dans la femelle. Le sperme se mélange à l'un des ovules de la femelle pour former une nouvelle cellule qui finit par devenir un bébé guppy.
Les guppys femelles peuvent conserver le sperme mâle jusqu'à trois cycles de ponte. Cela signifie que si les guppys s'accouplent et que le mâle est retiré, la femelle est toujours capable de mettre bas jusqu'à trois fois sans s'accoupler à nouveau. Chaque fois que la femelle met bas, elle est capable de produire environ 20 à 200 bébés. Le nombre exact dépend généralement de sa taille.
Au fur et à mesure que les bébés grandissent, ils sont attachés à un jaune qui les nourrit. Le temps de gestation moyen d'un guppy est de 28 jours, mais les femelles peuvent avoir des périodes de gestation allant de 20 à 40 jours. Il n'est pas possible de dire si une femelle guppy est enceinte simplement en recherchant une croissance dans la région de son ventre, mais il est possible de le dire en recherchant un point gravide. Une tache gravide est une tache sombre sur le ventre de la femelle guppy.