Les pluies acides affectent les animaux en modifiant le pH de leur environnement. L'acidité accrue provoque des changements anatomiques, réduit la population de certains organismes et peut affecter la reproduction de certaines espèces.
National Geographic définit les pluies acides comme tout type de précipitation contenant des niveaux élevés d'acides sulfurique et nitrique. Lorsque les pluies acides atteignent la Terre, les acides s'enfoncent dans le sol et pénètrent dans les réseaux hydrographiques, tels que les rivières, les lacs et les ruisseaux. Dans les écosystèmes aquatiques, les pluies acides nuisent aux animaux en augmentant l'acidité de l'eau. Cela augmente la quantité d'aluminium absorbée par le sol environnant, rendant l'eau toxique pour les animaux aquatiques. Dans les zones où le pH de l'eau descend en dessous de cinq, il y a moins d'écrevisses et d'insectes. Une acidité accrue affecte également le taux de croissance et les capacités de reproduction des poissons.
Les pluies acides ont également un effet sur les animaux vivant dans la forêt. La pluie favorise les changements de pH du sol, ce qui rend plus difficile l'absorption d'eau par les arbres. Les effets des pluies acides empêchent également les arbres et autres plantes de résister aux maladies, aux insectes et aux changements de température. Lorsque les arbres et les plantes endommagés meurent, il n'y a pas autant de nourriture disponible pour les animaux vivant dans l'écosystème forestier.