Vivant dans l'endroit le plus froid du monde, un manchot empereur a des couches de plumes épaisses comme première ligne de défense. À l'exception des pieds et du dessous des ailes, des plumes en forme d'écailles et imperméables recouvrent tout le corps du pingouin pour fournir une isolation et une protection contre le froid glacial de l'Antarctique.
Les températures dans la région polaire chutent en hiver, et les manchots empereurs survivent à la rude saison en se regroupant en grands groupes appelés formation de tortues pour conserver et partager la chaleur corporelle. La température peut atteindre jusqu'à 20 degrés à l'intérieur de la formation de tortue. Contrairement aux autres manchots territoriaux, les manchots empereurs travaillent en groupe. Lorsque ceux au cœur du groupe se sont réchauffés, ils se déplacent pour permettre aux oiseaux sur les bords de la formation de se déplacer vers le centre.
Les principaux prédateurs des manchots sont les phoques léopards et les épaulards. Ils utilisent leurs pieds et leur agilité pour nager rapidement et chercher la terre lorsqu'ils sont menacés par les épaulards. Ils évitent généralement les phoques léopards et essaient de rester en groupe pour éviter d'être mangés. Les labbes, un type d'oiseau marin, sont friands d'œufs de manchots et d'oiseaux nouveau-nés. Les manchots adultes protègent les œufs en les plaçant sous leurs pieds ou en créant un anneau avec d'autres manchots pour monter la garde autour des œufs et des jeunes.