Les colonies royales étaient gouvernées par la monarchie anglaise via un gouverneur royal nommé par la monarchie ainsi qu'un conseil royal. Le gouverneur et le conseil étaient assistés par des conseils inférieurs qu'ils supervisaient.
De nombreuses colonies royales n'ont pas commencé à être gouvernées de cette manière. Au lieu de cela, il s'agissait souvent de sociétés propriétaires ou de coentreprises ayant reçu des chartes de la monarchie anglaise. Cependant, lorsque ces chartes ont atteint leur date limite ou ont été révoquées par la monarchie, les colonies se sont converties en colonies royales. Les colons étaient préoccupés par l'instabilité de la façon dont ils étaient gouvernés, car les gouverneurs propriétaires pouvaient changer ou même être destitués par les colons avant que la conversion en colonies royales n'entraîne encore plus de changements.
Le gouverneur d'une colonie royale était nommé par le roi et exécutait les souhaits du roi plutôt que les propres souhaits du gouverneur. Les instructions royales prenaient deux formes : une commission générale, qui, étant lue à haute voix lors de la nomination du gouverneur, était essentiellement de notoriété publique, et des instructions spéciales qui n'étaient généralement lues que par le gouverneur lui-même.
Au sein des colonies, le gouverneur était la plus haute autorité judiciaire, encouragé par la monarchie à utiliser ses pouvoirs de veto pour faire avancer les intérêts britanniques chaque fois que possible. Le gouverneur, son conseil royal et d'autres membres officiels du gouvernement de la colonie royale étaient généralement sélectionnés en raison de leurs liens sociaux et politiques plutôt que de leur expérience ou de leur capacité à diriger les autres.
