Selon le musée de paléontologie de l'Université de Californie, les champignons ont quatre classifications principales : les chytrides, les moisissures du pain, les levures et les sacs et les champignons lyophilisés. Chaque classification diffère principalement par la méthode de reproduction sexuée, car toutes les divisions de champignons utilisent la reproduction des spores d'une manière légèrement différente.
Les noms formels de ces classifications sont : chytridiomycota (chytrides), zygomycota (moisissures à pain), ascomycota (levures) et basidiomycota (champignons lyophilisés). De plus, il existe deux groupes polyphylétiques qui ne sont pas reconnus par la communauté scientifique. Ce sont les deutéromycota (champignons asexués qui ne se reproduisent pas sexuellement) et les lichens (communautés symbiotiques de champignons et d'algues). Ensemble, ces groupes constituent toutes les classifications formelles et informelles des champignons.
