De nombreuses activités humaines causent de la pollution, la destruction de l'habitat et le changement climatique, qui sont tous destructeurs pour les écosystèmes. Selon le World Wildlife Fund, l'utilisation de pesticides et d'engrais dans les fermes a été multipliée par 26 au cours des 50 dernières années, ce qui a causé des dommages accrus aux cours d'eau, aux rivières, aux lacs et aux océans du monde. Les engrais sont toxiques pour de nombreux types de vie aquatique et ils modifient la chimie des eaux locales.
Une autre façon dont les humains peuvent nuire aux écosystèmes est l'introduction d'espèces non indigènes. La National Wildlife Federation suggère que les espèces envahissantes se propagent via le commerce des animaux de compagnie, sur les bateaux et avec les plantes ornementales importées. Ces espèces envahissantes peuvent déplacer des espèces indigènes, altérant l'équilibre de l'écosystème. Les espèces envahissantes prennent plusieurs formes, des gros poissons, comme la carpe asiatique, aux virus microscopiques, comme le virus du Nil occidental.
Une mauvaise gestion des déchets solides peut entraîner un certain nombre de problèmes pour les écosystèmes aquatiques. Le Fonds mondial pour la nature explique que de grandes accumulations de plastique peuvent se former dans l'océan, ce qui peut libérer des produits chimiques nocifs dans l'eau, endommager les récifs coralliens ou nuire aux animaux qui l'ingèrent par inadvertance.
La pollution de l'air nuit également aux écosystèmes naturels. Selon le Fonds mondial pour la nature, les pluies acides, causées lorsque les humains libèrent du dioxyde de soufre dans l'air, sont également nocives pour les habitats naturels de la planète.
