La vie sur le Mayflower était désagréable et difficile, car le voyage de 66 jours était plein de fortes tempêtes atlantiques et de conflits entre les passagers. De nombreux pèlerins protestants ont agacé l'équipage et les autres passagers en essayant de forcer leur religion sur les autres, ce qui a conduit à des conflits à bord du navire. Le mal de mer, le scorbut et d'autres maladies de la mer étaient courants.
La mer agitée de l'Atlantique pendant la seconde moitié du voyage du Mayflower a particulièrement pesé sur l'équipage et les passagers. Étant donné que ceux qui s'aventuraient sur le pont risquaient d'être jetés par-dessus bord par mauvais temps, la plupart des passagers sont restés sous les ponts pendant la majeure partie du voyage. Les familles ont installé des séparateurs d'intimité dans les quartiers exigus, mais les plafonds bas et les conditions sombres et humides ont rendu la situation de vie très inconfortable.
Les pèlerins protestants étaient minoritaires sur le Mayflower, ne comptant que 41 des 102 passagers. Au début du voyage, les pèlerins ont tenté d'imposer leurs croyances religieuses à leurs compagnons de bord, qu'ils considéraient avec méfiance en raison de leur résistance. Finalement, les deux groupes ont réalisé que la coopération était le seul moyen de survivre au voyage et de prospérer dans le nouveau monde, et ils ont signé le Mayflower Compact pour former une organisation civile. L'accord est devenu l'un des précurseurs d'un régime démocratique moderne et a servi de modèle pour le gouvernement ultérieur des Amériques.
