Les algues n'appartiennent pas à un seul royaume mais à plusieurs différents en raison de différents processus évolutifs. Ces royaumes incluent Kingdom Plantae, Kingdom Chromista et Kingdom Bacteria.
Il existe trois phylums d'algues qui se distinguent par la couleur du thalle. Les algues du phylum Ochrophyta sont brunes, celles du phylum Rhodophyta sont rouges et celles du phylum Chlorophyta sont vertes. Outre la couleur, ces trois groupes présentent des différences substantielles dans leurs structures et compositions biochimiques, telles que leurs parois cellulaires, leurs flagelles, leurs composés de stockage, leurs chloroplastes, leurs pigments photosynthétiques, leur mitose et leurs connexions cellulaires. Environ 11 500 espèces d'algues ont été découvertes à ce jour.