L'élevage sélectif présente plusieurs risques pour les chiens, notamment l'augmentation du risque de développer des problèmes cardiaques, une maladie rénale, une prostration thermique, l'incapacité de refroidir le corps, des problèmes d'audition et de vision et des troubles sanguins. La reproduction sélective peut également créer des problèmes émotionnels ou neurologiques. Certaines races, comme les Bull Terriers, ont tendance à chasser sans cesse leur queue, tandis que les Scottish Terriers peuvent perdre le contrôle musculaire lorsqu'ils sont excités.
L'élevage sélectif présente des risques pour les petits et les grands chiens. Les petits chiens sont sujets à l'hypertension artérielle et aux anomalies squelettiques telles que les rotules mal alignées, ce qui provoque une luxation de la rotule. Les chiens de grandes races peuvent développer des tumeurs malignes dans leurs os, car leur poids anormalement élevé exerce une pression excessive sur leur système squelettique et ils sont sujets à des problèmes orthopédiques.
Des problèmes surviennent également chez les chiens avec certaines caractéristiques accentuées, comme le visage plat ou la peau ridée. Les chiens à face plate, comme les carlins et les Pékinois, peuvent avoir des voies nasales courtes et étroites, ce qui interfère avec une respiration adéquate. Les limiers peuvent développer des problèmes oculaires à cause de la peau ridée autour des yeux, tandis que le shar-pei chinois et d'autres races développent une irritation de la peau et des infections à cause des rides. Les bouledogues femelles aux hanches anormalement étroites accouchent souvent par césarienne.
Certaines races, comme les chiens d'eau portugais, les caniches standard et les bassets, ont un système immunitaire faible. Certains cancers apparaissent chez les chiens avec reproduction sélective, tout comme les problèmes d'organes et d'autres maladies.
