La thérapie humaniste est basée sur la psychologie humaniste, qui présente des inconvénients tels qu'un manque de connaissances concrètes concernant des traitements spécifiques, une incapacité à aider les patients souffrant de problèmes plus graves et une dépendance aux généralisations, selon AllPsych. Beaucoup choisissent d'utiliser la thérapie humaniste comme fondement du changement chez les patients, bien que certains trouvent que la thérapie humaniste n'est pas suffisante en tant que traitement autonome.
La psychologie humaniste est fortement basée sur l'idée du libre arbitre du patient. Pour cette raison, la thérapie humaniste est généralement inefficace pour développer des techniques de traitement spécifiques pour les problèmes spécifiques d'un patient. Il est également très difficile d'évaluer l'efficacité de la thérapie humaniste avec la même rigueur avec laquelle d'autres techniques thérapeutiques peuvent être évaluées.
La thérapie humaniste fonctionne mieux lorsqu'elle est utilisée pour traiter des problèmes mineurs concernant la pathologie ou la personnalité d'un patient. Il présente un grave inconvénient lorsqu'il est utilisé dans le traitement de quelque chose d'aussi grave et envahissant que la schizophrénie.
Un inconvénient important de la thérapie humaniste est qu'elle repose sur de nombreuses généralisations concernant le comportement humain. Cela suppose que tout le monde est capable d'accomplir des actions morales et que tout le monde est prêt à agir selon la hiérarchie des besoins de Maslow. La thérapie humaniste ne tient pas compte des individus agissant contre leurs propres intérêts. Cela désavantage la thérapie par rapport à d'autres techniques thérapeutiques.