Les inconvénients de la technique de la goutte suspendue incluent la possibilité de négliger quelques cellules mobiles parmi d'innombrables cellules immobiles, et le processus d'observation peut prendre du temps. La technique de la goutte suspendue est une méthode utilisée pour examiner les micro-organismes vivants.
Il y a d'autres inconvénients à utiliser la méthode de la goutte suspendue. Ce n'est pas une méthode sûre à utiliser lorsqu'il s'agit d'organismes extrêmement pathogènes, car les humains peuvent facilement contracter une infection. La mise en place de l'appareillage nécessaire à la technique de la goutte suspendue prend du temps et les lames à cavité utilisées sont coûteuses. Les lamelles, qui font partie de l'appareil, sont assez fragiles et leur manipulation peut poser un défi.
Une autre méthode utilisée pour observer de minuscules organismes est la technique du montage humide. La différence entre les deux est que la technique de montage humide sèche plus rapidement que la méthode de chute suspendue. Étant donné que la méthode de la goutte suspendue ne sèche pas aussi rapidement, elle permet un examen plus long du micro-organisme et une observation plus fiable. Une troisième méthode de test de la motilité des organismes est le test de motilité semi-solide.
La technique de la goutte suspendue est également utilisée dans le processus de cristallisation des protéines, qui est la formation d'un cristal de protéine.