L'inconvénient le plus important des espèces sélectionnées artificiellement est qu'elles sont très sensibles aux maladies. Étant donné que certains traits sont sélectionnés, la variation au sein de l'espèce est considérablement réduite, ce qui les rend très sensibles aux changements de l'environnement, y compris aux facteurs biotiques et abiotiques.
La sélection artificielle peut également avoir des conséquences imprévues, comme dans le cas des abeilles mellifères africanisées, également appelées abeilles tueuses. Alors que les abeilles ont été élevées pour produire plus de miel, des traits qui ont provoqué une augmentation de l'agressivité ont également été transmis par inadvertance. Cela a entraîné la mort de plusieurs personnes alors que les abeilles sont devenues de plus en plus défensives.
L'élevage sélectif, un autre terme pour la sélection artificielle, peut également avoir un effet néfaste sur l'espèce elle-même, comme on le voit dans la consanguinité des chiens afin de maintenir la soi-disant pureté de certaines races. Certaines races de chiens présentent de nombreuses complications apparemment inhérentes, telles que la dysplasie de la hanche et une durée de vie plus courte.
Dans d'autres cas, comme le bananier, la sélection artificielle a produit des hybrides très sensibles à la stérilité. Cela signifie que l'espèce est incapable de se reproduire dans la nature, ce qui l'expose à un risque d'extinction plus élevé, car une seule maladie pourrait effectivement anéantir l'espèce entière.
