La HPLC, chromatographie liquide haute performance, présente très peu d'inconvénients, mais ceux-ci sont peu sensibles, difficiles à nettoyer et les appareils sont très coûteux. La fonction, l'utilisation et la précision d'un appareil HPLC sont très similaires à celles d'un GC ou d'une chromatographie en phase gazeuse.
Les échantillons utilisés dans une machine de chromatographie liquide haute performance sont généralement plus gros que ceux d'une machine de chromatographie en phase gazeuse. Malgré le nombre d'inconvénients qu'il présente, il présente également de nombreux avantages. Les appareils sont plus précis que les autres appareils et peuvent analyser une plus large gamme de composés, bien que l'appareil GC puisse mieux faire avec des mélanges plus complexes que les appareils HPLC.
