Les inconvénients de la fécondation externe comprennent la dépendance à l'eau et la grande quantité de spermatozoïdes et d'ovules gaspillés qui n'atteignent jamais un gamète correspondant, même lorsque les organismes libérant les ovules et le sperme sont à proximité. De plus , les ovules libérés ne peuvent pas avoir de coquilles, car elles arrêteraient les spermatozoïdes.
La fécondation externe n'est utilisée que par les animaux qui se reproduisent dans l'eau, car les spermatozoïdes ont besoin d'eau pour traverser pour atteindre les ovules. Les animaux qui utilisent cette stratégie de reproduction comprennent la plupart des poissons, la plupart des amphibiens et de nombreux autres types d'invertébrés aquatiques. En raison de la fécondation incertaine d'un ovule particulier, les animaux qui utilisent la fécondation externe produisent généralement un très grand nombre de spermatozoïdes et d'ovules.
La fertilisation externe présente également des avantages par rapport à la fertilisation interne. Dans la fécondation interne, un mâle d'une espèce insère directement du sperme dans une femelle, qui nager ensuite dans les fluides entourant l'appareil reproducteur pour atteindre les œufs. C'est la stratégie couramment utilisée par les animaux qui se reproduisent sur terre. Bien qu'il s'agisse d'une méthode plus fiable en termes de probabilité que chaque ovule soit fécondé, elle est plus compliquée que la fécondation externe. Il nécessite une coordination étroite entre les hommes et les femmes en termes de comportement et de physiologie, ce qui nécessite des contrôles hormonaux poussés.
