Les facteurs biotiques des rivières comprennent les insectes, les poissons, le périphyton et les macroinvertébrés benthiques classés en groupes d'alimentation fonctionnels tels que les broyeurs et les brouteurs. Ces organismes vivants constituent certains des facteurs biotiques les plus importants de tout écosystème fluvial , selon Nature Education.
L'écosystème fluvial fournit un environnement dynamique pour la diversité biotique. Les écologistes aquatiques ont tendance à se concentrer sur les macroinvertébrés benthiques dans leurs études sur les écosystèmes fluviaux en raison de leur abondance et de leur complexité. Les quatre groupes d'alimentation fonctionnels des macroinvertébrés benthiques comprennent les déchiqueteurs, que chacun laisse; les collecteurs, qui consomment de la matière organique finement particulaire ; les brouteurs, qui se nourrissent de périphyton ; et prédateurs. L'habitat physique de la rivière elle-même détermine laquelle de ces quatre catégories d'organismes est la plus prononcée. Les petits ruisseaux tempérés, par exemple, offrent les conditions idéales pour que les broyeurs et les collectionneurs prospèrent, tandis que les auvents s'ouvrant dans les ruisseaux plus grands offrent aux brouteurs un meilleur accès à leur principale source de nourriture, le périphyton.
Les poissons sont également des contributeurs importants à l'écosystème fluvial, en particulier les poissons anadromes qui passent la majeure partie de leur vie dans un environnement marin et voyagent en amont pour se reproduire. Ces poissons apportent des nutriments marins à l'environnement, ce qu'au moins une expérience a lié à une abondance accrue d'insectes dans l'écosystème fluvial, comme indiqué par Nature Education.