Au niveau individuel, les animaux hybrides ont parfois des problèmes de reproduction, de santé ou de comportement en raison de leur génétique. Sur le plan écologique, les hybrides brouillent les lignées d'espèces et posent des problèmes de conservation.
Un hybride est la progéniture de parents de deux espèces ou sous-espèces distinctes. De nombreuses espèces, en raison de différences génétiques ou comportementales, ne se reproduisent pas ou ne peuvent pas se reproduire pour produire une progéniture viable. Cependant, dans certains cas, deux espèces sont suffisamment similaires génétiquement pour créer une progéniture hybride. Certains hybrides, comme les mules, sont stériles. Les mules sont le résultat d'un croisement entre une jument et un âne. Alors que la mule elle-même peut atteindre l'âge adulte en bonne santé, elle est généralement incapable de produire ses propres gamètes et ne se reproduit pas.
Un ligre est un hybride entre une femelle tigre et un mâle lion, et il est souvent plus gros que l'un ou l'autre des parents. Les ligres sont sujets à des problèmes de santé et à des malformations congénitales, et beaucoup ne survivent pas jusqu'à l'âge adulte. Il est également difficile pour la tigresse de donner naissance à ses petits hybrides ; leur grande taille peut nécessiter une césarienne pour la mère.
Les animaux hybrides peuvent également présenter un comportement imprévisible. Un exemple célèbre est le loup hybride, qui est un croisement entre un chien domestique et un loup. Peu d'articles évalués par des pairs ont été écrits sur le sujet du comportement des loups hybrides, et les animaux sont entourés de beaucoup de controverse. Certains propriétaires prétendent que leurs hybrides sont des animaux doux et timides, tandis que d'autres anecdotes indiquent que les hybrides de loups sont imprévisibles et dangereusement agressifs. Certains des problèmes découlent du fait que les chiens ont été domestiqués pendant 15 000 à 30 000 ans et, au cours de cette période, ont été sélectivement élevés pour des comportements spécifiques qui sont bénéfiques pour les propriétaires. La génétique contradictoire d'un croisement loup-chien conduit à l'imprévisibilité. Les hybrides de loups sont également susceptibles de considérer leurs propriétaires comme leur meute, et le propriétaire doit prendre soin de s'affirmer en tant que membre dominant de la meute.
Un problème d'hybridation à plus grande échelle vient des hybrides sauvages. Certaines espèces d'oiseaux aquatiques sauvages, par exemple, peuvent facilement se reproduire avec leurs homologues domestiques. Cela peut brouiller les pistes génétiques d'une espèce, dans certains cas dans la mesure où une espèce est en danger d'extinction par hybridation. Ce problème ne se limite en aucun cas à la sauvagine. Le chat sauvage écossais est en danger d'extinction à cause de l'hybridation avec des chats domestiques sauvages.
