Les aspects négatifs de l'énergie de la biomasse sont similaires à ceux associés à l'utilisation de combustibles fossiles pour produire de l'électricité, à l'exception du fait que les combustibles de la biomasse sont des sources d'énergie renouvelables. La combustion de combustibles de biomasse suscite des inquiétudes quant aux émissions et l'utilisation de l'eau. Les biocarburants sont moins efficaces et nécessitent plus de terres.
L'énergie de la biomasse utilise du carburant d'origine végétale et animale. Ces sources comprennent les déchets tels que les copeaux de bois, les eaux usées, le fumier et les arbres pourris, mais comprennent également les cultures cultivées spécifiquement pour la conversion de la biomasse. Alors que les gens utilisent le bois depuis des siècles comme source de chaleur, l'énergie de la biomasse utilise cette source de combustible pour alimenter des moteurs ou des centrales électriques. Cependant, la création de la source de combustible est souvent coûteuse, même lorsqu'elle consomme des déchets.
Bien que l'énergie de la biomasse contribue à réduire les émissions de dioxyde de carbone, elle augmente d'autres gaz à effet de serre, notamment le méthane. D'un point de vue environnemental, les émissions d'une centrale à biomasse sont tout aussi nocives que celles des combustibles fossiles. L'utilisation de déchets animaux et humains crée également des odeurs indésirables.
Parce que l'énergie de la biomasse produit du méthane, elle nécessite plus de terres que les autres types de production d'énergie afin de protéger les personnes vivant à proximité de l'usine. Si la demande de biomasse supplémentaire dépasse les déchets disponibles, il est possible que les agriculteurs passent des cultures vivrières aux cultures de biomasse, ce qui réduit la disponibilité de la nourriture. La demande a également le potentiel d'imposer d'autres demandes sur les forêts déjà stressées.