Les enzymes qui décomposent les protéines comprennent la trypsine, la chymotrypsine, la pepsine, la thermolysine, la glutamyl endopeptidase, l'élastase, la bromélaïne et la papaïne. La trypsine, la pepsine, l'élastase, la thermolysine, le glutamyl, l'endopeptidase et la chymotrypsine sont fabriquées dans le corps humain. La bromélaïne vient des ananas et la papaïne vient des papayes. Ces enzymes sont appelées protéases.
Les enzymes fabriquées dans le corps brisent généralement les liaisons des longues chaînes peptidiques et les convertissent en chaînes plus petites. Les grandes chaînes peptidiques sont trop grosses pour être absorbées par l'intestin grêle, où se déroule une grande partie de la digestion.
Chaque protéase coupe les liaisons à un certain point de la chaîne peptidique et chacune fonctionne mieux à un certain pH. Par exemple, la chymotrypsine fait son meilleur travail à pH 8, qui est légèrement alcalin. La pepsine fonctionne mieux à pH2, qui est extrêmement acide. En effet, la pepsine est libérée par les cellules de l'estomac, où les aliments sont transformés dans un bain d'enzymes et d'acide chlorhydrique. Cependant, la trypsine et la chymotrypsine sont produites dans le pancréas et sécrétées dans l'intestin grêle.
La bromélaïne se trouve dans le fruit et la tige de l'ananas. La bromélie et la papaïne sont utilisées comme attendrisseurs de viande et comme suppléments pour traiter des conditions médicales telles que les blessures sportives et les blessures.