Une souris sylvestre peut être identifiée par son long nez triangulaire et ses grands yeux noirs. La souris sylvestre est souvent de couleur brune, tandis qu'une souris domestique commune est généralement grise.
Le dessus de la souris sylvestre va du brun au rougeâtre, et le ventre de la souris est blanc. La souris sylvestre a de grandes oreilles arrondies avec une fourrure clairsemée. Les souris sylvestres ont de longues queues rougeâtres ou brunes en haut et blanches en bas. Les souris communes ont une queue glabre de couleur sombre qui est généralement de couleur uniforme. Les souris sylvestres peuvent également être grises et blanches, plutôt que rougeâtres ou brunes, selon la région où vit la souris. Les souris sylvestres grises et brunes ont un ventre blanc et une queue bicolore.
Les souris domestiques matures sont plus grosses que les souris sylvestres. La taille typique d'une souris sylvestre adulte est d'environ 4 pouces, ou 7 pouces, queue comprise. Une souris ordinaire atteint jusqu'à 8 pouces de longueur.
Les pattes arrière des souris sylvestres sont souvent plus petites que celles des souris communes. De plus, la séparation des couleurs sur les souris sylvestres est nettement perceptible, tandis qu'une souris commune a des couleurs qui se mélangent progressivement. Les différences de couleur entre les souris sylvestres et les souris domestiques sont particulièrement visibles lors de l'examen des queues.
