La principale différence entre un ninja et un samouraï est qu'un ninja est doué pour le ninjutsu et qu'un samouraï pratique le bushido. Le ninjutsu est l'art de la furtivité et du sabotage développé pour l'espionnage. Le Bushido est un code d'honneur et de morale.
Le folklore japonais suggère que les ninjas descendent d'un démon. Les érudits pensent que le ninjutsu s'est développé vers le VIe siècle en opposition aux premiers samouraïs féodaux. Le ninjutsu était un mélange de tactiques indochinoises et japonaises développé par un samouraï dénoncé et un moine chinois. Ninjutsu a ignoré le code du bushido et valorisé l'action secrète.
Les premiers guerriers samouraïs soutenaient les riches propriétaires fonciers du Japon féodal. Au 12ème siècle, les samouraïs gagnaient le contrôle militaire et politique. Après la guerre de Gempei en 1185, les samouraïs ont établi le shogunat de Kamakura en tant que dictature militaire. La dictature a duré jusqu'au 19ème siècle.
Les ninjas pouvaient provenir de la classe supérieure en tant que samouraï déshonoré ou de la classe inférieure en tant que fils de fermiers ou de villageois. Les ninjas vont du ninja ordinaire, ou genin, à l'intermédiaire, ou chunin, à l'homme haut, ou jonin.
Le déclin des samouraïs s'est produit après l'introduction de la culture occidentale au Japon au milieu du XIXe siècle. La législature japonaise a aboli le féodalisme en 1871, mais le code du bushido était évident dans la culture japonaise pendant la Seconde Guerre mondiale.