Les iguanes mâles ont de gros muscles de la mâchoire qui ressemblent à des bajoues et deux dépôts graisseux sur le front, ce qui rend la tête des iguanes mâles plus grosse et plus épaisse que celle des femelles. Un mâle a également un corps plus gros et plus lourd et un renflement près de la base de sa queue où se trouvent ses organes reproducteurs.
Les iguanes mâles ont également des pores fémoraux très visibles à l'intérieur des cuisses. Il faut 18 à 24 mois avant qu'un iguane soit suffisamment mature pour déterminer s'il s'agit d'un mâle ou d'une femelle. Une fois que l'iguane a atteint 6 à 10 pouces de longueur du museau à l'évent, des caractères sexuels secondaires apparaissent.
