Les bactéries occupent leur propre domaine de vie. Le domaine des Eubactéries est extrêmement diversifié et comprend pas moins de 30 phylums distincts, selon le schéma de classification LSPN. En raison de l'empressement avec lequel les bactéries échangent des gènes à travers les barrières d'espèces via des transferts de gènes latéraux, il est difficile d'établir avec certitude des classifications fermes selon la lignée.
Les taxonomistes divisent la vie en sous-ordres principaux, principalement le domaine, le royaume, le phylum et la classe. Les bactéries appartiennent au domaine des eubactéries, qui est l'un des trois domaines de la vie sur Terre. Selon Wikipedia, l'ancienne désignation des bactéries, Prokaryota, ne peut être utilisée que pour distinguer les bactéries et les archéens des plantes, des animaux et des champignons d'Eukaryota et a donc une valeur limitée. Au sein des Eubactéries, les organismes sont regroupés en phylums et en classes, bien que ces niveaux de classification aient été développés pour les eucaryotes et ne puissent pas prendre en compte la fréquence à laquelle les bactéries échangent du matériel génétique.
Les lignées traditionnelles de phylogénie commencent à se décomposer à des niveaux inférieurs à la classe, car les "espèces" bactériennes existent rarement dans un isolement génétique, note Wikipedia. La classification de niveau inférieur devient ainsi en grande partie une question d'opinion, car la règle de similitude de la majorité pour identifier une espèce bactérienne, si elle est appliquée aux mammifères, regrouperait les humains, les grands singes et les singes en une seule "espèce".
