"Prey" est un roman sur les merveilles et les dangers potentiels de la nanotechnologie. Il est raconté par le protagoniste, Jack Forman, qui est un mari au foyer de 40 ans et père de trois enfants. Il travaillait comme programmeur informatique dans une entreprise de la Silicon Valley jusqu'à ce qu'il soit licencié pour avoir dénoncé la corruption de son patron. Sa femme, Julia, travaille dans un laboratoire de recherche ultra-secret en nanotechnologie dans le désert du Nevada.
Lorsque Julia commence à travailler de longues heures et à se comporter de manière erratique à la maison, Jack craint qu'elle n'ait une liaison. Bien que Julia prétende qu'elle travaille sur une nanotechnologie complexe qui change le monde, ses changements de comportement sont tels qu'il ne pense pas que ce soit toute l'histoire. En plus de devenir plus colérique avec lui et leurs enfants, elle a également commencé à faire plus attention à son apparence.
Lorsque des choses étranges commencent à arriver à ses enfants et autour de leur maison, il commence à craindre que quelque chose de plus sinistre ne se produise. Julia montre à Jack une vidéo du projet sur lequel elle et son équipe travaillent, qui implique que des nanobots soient placés à l'intérieur d'un sujet de test humain. Plus tard, on demande à Jack de se rendre dans le laboratoire de recherche de l'entreprise de Julia dans le désert pour aider l'équipe à résoudre les problèmes logiciels qu'ils rencontrent avec les nanobots. Là-bas, Jack assiste à une démonstration en direct des nanobots en action. Le résultat est si effrayant qu'il se rend compte qu'il y a de plus gros problèmes que sa peur que Julia puisse avoir une liaison.