Le nom scientifique du pygargue à tête blanche est Haliaeetus leucocephalus. La première partie du nom, Haliaeetus, signifie aigle de mer en latin, et la seconde partie, leucocephalus, signifie tête blanche.
Bien qu'il appartienne à un genre étiqueté avec les mots latins pour aigle de mer, le pygargue à tête blanche ne se trouve pas strictement le long des côtes maritimes. Les pygargues à tête blanche restent près de l'eau, mais ils habitent les zones proches des rivières ou des lacs aussi souvent qu'une côte maritime. La partie « chauve » de leur nom commun vient du terme pie, qui signifie patché de deux couleurs, généralement le noir et le blanc. Alors qu'ils sont appelés pygargues à tête blanche à cause de leur tête blanche, c'est parce que la tête blanche leur donne un aspect pie, et non parce qu'ils semblent être chauves.
