Le principal inconvénient de la transmission par micro-ondes est que les tours à micro-ondes ne peuvent échanger des données que si elles ont une ligne de vue dégagée entre elles sans obstacles tels que des bâtiments, des collines ou des arbres. Autres inconvénients comprennent l'absorption du signal par l'atmosphère, les interférences météorologiques et les dépenses.
Les signaux hyperfréquences voyagent généralement en ligne droite d'un émetteur à un récepteur. Si les signaux traversent des régions d'air de densités différentes, comme cela pourrait être le cas lors de la traversée d'un plan d'eau, les signaux se plient légèrement. Au lieu d'atteindre le récepteur, certains signaux sont absorbés dans l'atmosphère et les signaux perdus affectent la qualité de la transmission. Les signaux micro-ondes peuvent également être affectés par les fortes pluies, la grêle et la neige. Les gouttes de pluie et les grêlons en particulier ont à peu près la même taille que les longueurs d'onde d'une micro-onde à haute fréquence. Un orage peut bloquer la communication par micro-ondes, créant un problème appelé évanouissement dû à la pluie. Un autre inconvénient de la transmission par micro-ondes est le coût des tours, qui sont coûteuses à construire.
Un avantage de la transmission par micro-ondes est qu'au lieu d'utiliser des câbles ou d'autres fils physiques, elle utilise des ondes électromagnétiques avec de petites longueurs d'onde. La taille des longueurs d'onde permet à un émetteur de diriger des micro-ondes vers un récepteur dans un faisceau étroit, améliorant ainsi l'efficacité. De plus, la haute fréquence des micro-ondes signifie qu'un faisceau de micro-ondes a une très grande capacité de transport d'informations.