Les requins-baleines sont des filtreurs, ce qui signifie qu'ils mangent des quantités massives de minuscules crustacés, de plancton et d'autres petits organismes. Ils ont des structures filtrantes passives spécialisées dans leur bouche qui permettent à l'eau de mer de passer à travers et de filtrer les matières alimentaires.
L'alimentation par filtre est la même méthode d'alimentation utilisée par les palourdes, le krill, les éponges, les méduses, les raies manta, les baleines et plusieurs autres espèces de requins. De plus, de nombreuses espèces de poissons de fond ou de poissons butineurs sont des filtreurs et jouent un rôle important dans la régulation de la chaîne alimentaire de l'océan et de la qualité de l'eau. Le menhaden de l'Atlantique est un type de hareng qui filtre quatre gallons d'eau par minute, éliminant quotidiennement des quantités massives de plancton de l'eau de l'océan.