Les rats musqués se nourrissent de racines et de plantes aquatiques sous forme de nénuphars, pointes de flèches, carex et lentilles d'eau. Ils mangent aussi des tortues, des poissons, des mollusques et certains invertébrés. Les rats musqués se nourrissent de fruits, de cultures agricoles et de légumes du jardin lorsqu'ils s'aventurent sur la terre ferme. Ils mangent de la chair en décomposition, en particulier des poissons morts laissés par la fonte printanière.
Les rats musqués se nourrissent d'autres formes de végétation, comme le brochet et les mauvaises herbes des étangs. La végétation aquatique est le principal régime alimentaire des rats musqués. Si la nourriture devient difficile à trouver, les rats musqués se nourrissent d'insectes, d'écrevisses et de grenouilles. Les moules d'eau sont importantes pour leur alimentation en hiver. Les rats musqués qui habitent les marais mangent principalement des quenouilles. Les rats musqués se nourrissent également de tapis d'algues dans certaines régions. Les rats musqués fabriquent des plates-formes d'alimentation dans les marais où ils mangent de la nourriture cueillie.
